A intenção do governo é que a pasta cuida exclusivamente do sistema penitenciário do estado. Atualmente essa é a função da Secretaria Estadual da Justiça e da Cidadania (Sejuc), que seria extinta.
Além da administração penitenciária, a Sejuc também agrega a Coordenadoria de Atendimento ao Cidadão (Codaci) e Coordenadoria de Proteção e Defesa Civil. Com a criação da Sejap, as duas coordenadorias passariam a fazer parte da estrutura orgânica da Secretaria de Estado do Trabalho, da Habitação e da Assistência Social (Sethas) e do Corpo de Bombeiros Militar, respectivamente.
De acordo como o novo documento, competirá a Sejap, por intermédio de suas coordenadorias, subcoordenadorias, unidades e outros órgãos estruturais, coordenar o sistema penitenciário estadual e as medidas administrativas de proteção e de defesa do consumidor.
