A primeira morte foi confirmada pelo Instituto Evandro Chagas em novembro de 2015. O homem de 35 anos morava em São Luís no Maranhão e tinha histórico de lúpus, tratamento contínuo com corticosteroides, artrite reumatoide e alcoolismo. O lúpus afeta o sistema imunológico e, por isso, ele não resistiu ao vírus Zika. Ele morreu em junho de 2015. O caso foi encaminhado para o instituto, com sede em Belém, por ser referência nacional em febres hemorrágicas.
O segundo caso de morte, também confirmado em novembro de 2015, foi de uma paciente que morreu em outubro em Benevides (PA). Uma adolescente de 16 anos, com suspeita inicial de dengue, apresentou dor de cabeça, náuseas e pontos vermelhos na pele e mucosas. A coleta de sangue ocorreu sete dias após o início dos sintomas, em 29 de setembro; a paciente, após a infecção pelo vírus Zika, desenvolveu quadro de púrpura trombocitopênica grave e hemorragias.