A entidade é alvo da Operação Vendilhões, deflagrada pelo MP-GO, que apura desvio de R$ 120 milhões de doações feitas por fiéis. A Afipe é responsável pelo Santuário Basílica de Trindade. Fundador da associação, padre Robson também é investigado e se afastou das funções temporariamente. Ele nega qualquer irregularidade.